Los diferentes sistemas de cultivo de organismos acuáticos se pueden clasificar dependiendo de distintos criterios. Las etapas de los cultivos dependen de las etapas de desarrollo de la especie cultivada que generalmente siguen esta secuencia: reproductores, huevos, larvas, alevines y adultos. Según la relación entre la población cultivada y la población natural o libre de la especie cultivada, se pueden distinguir los cultivos integrales, los semicultivos y los seminaturales.
Los cultivos también pueden clasificarse, en función del tipo de agua utilizada., como cultivos de agua dulce y los cultivos de agua marina.
Según la densidad de cultivo, los cultivos pueden clasificarse en extensivos (baja densidad), semi-intensivos (densidad intermedia), e intensivos (alta densidad). El sistema puede tratar, además, de un monocultivo (que consta de una sola especie), o de un policultivo (compuesto por varias especies).
Los cultivos pueden clasificarse también dependiendo del lugar donde se llevan a cabo, pudiendo ser suspendidos en la columna de agua, encontrarse en la zona costera o estar situados en tierra firme.
Finalmente, todo cultivo puede ser clasificado como sistema abierto, sistema semicerrado o sistema cerrado, dependiendo del tipo de flujo de agua que haga servir.
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